Den Capponis muss der Ort gefallen haben, wenn man bedenkt, dass Calcinaia um die Mitte des 16. Jahrhunderts als wichtig genug angesehen wurde, um auf den Karten der Kapitäne der Welfenpartei abgebildet zu werden. Bis dahin waren die mit einer rauen Fassade ausgestatteten Gebäude durch eine umkämpfte Mauer verbunden, die dem "Haus des Meisters Giovanni Battista Capponi" einen Blick verlieh, der eher dem Rang seines Eigentümers, eines hochrangigen Beamten und künftigen Senators entsprach des Großherzogtums der Toskana. Die ursprünglichen vier Poderi von 1524 - Sepale, Calcinaia, San Piero al Pino und Bastignano - wurden im Laufe der Jahre vermehrt: Casarsa im Jahre 1643 und der Rest in den folgenden zwei Jahrhunderten. Calcinaia blieb bis zur zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts ein einfaches Landhaus, als Graf Ferdinando Carlo Capponi, ein erstklassiger Verwalter, beschloss, sein Anwesen im Greve-Tal neu zu organisieren. Zu dieser Zeit stammen der Gärkeller, die eigentlichen Keller, das Zitronenhaus und der hintere Teil der Villa. Die Front war bereits vor etwa fünfzig Jahren dank Graf Ferrante Capponi, der auch die Kapelle hinzufügte, renoviert worden.